Najczęściej wykorzystywane metody pobierania próbek z zanieczyszczonych mikrobiologicznie powierzchni:

• Odciskowa z wykorzystaniem taśmy samoprzylepnej (dociśnięta do zanieczyszczonej mikrobiologicznie powierzchni taśma może być bezpośrednio przeniesiona na szkiełko mikroskopowe i poddana analizie); technikę tę stosuje się na płaskich i gładkich powierzchniach.
• Wymazy (sterylny wacik zwilżony odpowiednim płynem – sterylną wodą, solą fizjologiczną, wodą peptonową itp.– służy do zebrania zdeponowanych na skażonej powierzchni mikroorganizmów; tak zebrane mikroorganizmy zawiesza się w większej objętości płynu, zwykle identycznego z zastosowanym do pobrania próbki, i laboratoryjnie opracowuje tak zebrany materiał metodą seryjnych rozcieńczeń); technikę tę stosuje się na pofałdowanych i porowatych powierzchniach.

• Płytki kontaktowe/odciskowe (stosuje się specjalne płytki mikrobiologiczne typu RODAC wypełnione odpowiednim podłożem hodowlanym tworzącym menisk wypukły, zwykle o powierzchni styku nie mniejszej niż 20 cm², które dociska się przez kilka sekund do skażonej biologicznie powierzchni; bywa, że w tym samym celu stosowana jest taśma agarowa); tę technikę pobierania stosuje się na płaskich i gładkich powierzchniach.
• Odkurzanie (materiał pobierany jest odkurzaczem na jednorazowe filtry bawełniane, na których jest najpierw oceniany grawimetrycznie, a potem poddawany analizie mikrobiologicznej metodą seryjnych rozcieńczeń); technikę tę można stosować na każdym rodzaju powierzchni.